1、高速冷凍離心機人為引起的故障這類故障是由于操作不當引起的，—般多由操作人員對使用程序不熟練或不注意所造成的。故障輕者導致儀器不能正常工作，重者可能損壞儀器。因此在操作使用前，臺式低速大容量冷凍離心機毛細管等速電泳必須仔細閱讀儀器使用說明書，掌握正確的使用操作步驟,才能減少這類故障的發生。
2、外因所致的故障這類故障是由儀器設備的使用環境條件不符合要求引起的，常常是造成儀器故障的主要原因。一般指的是電壓、溫度、濕度、電場、磁場及振動等。 
3、儀器設備質量缺陷引起的故障這類故障是由儀器元件質量不好、設計不合理、裝配工藝上疏忽造成的故障。 
高速冷凍離心機儀器的故障分為必然性故障和偶然性故障。必然性故障是各種元器件、零部件經長期使用后，性能和結構發生老化，導致儀器無法進行正常的工作;偶然性故障是指各種元器件、結構等因受外界條件的影響，出現突發性質變，使儀器不能進行正常的工作。